Είναι σπάνιες σε σχέση με τις εισαγόμενες φυλές, αλλά είναι οι δικές μας, αυτόχθονες φυλές βοοειδών, αγελάδες και βούβαλοι.

Η πλειοψηφία των γαλακτοπαραγωγών αγελάδων στη χώρα μας είναι…εισαγόμενες φυλές , που ανήκουν στις διάσημες  ξένες φυλές και ευθύνονται για το μεγαλύτερο ποσοστό του γάλακτος που καταναλώνουμε είτε ως γάλα, είτε στην παραγωγή γαλακτοκομικών και τυροκομικών προϊόντων. Ωστόσο υπάρχουν τρεις Ελληνικές φυλές αγελάδων και μία βουβάλων με μεγάλη ιστορία, με πολύ περιορισμένο πλέον αριθμό ζώων, σχεδόν υπό εξαφάνιση.

Το Ελληνικό βουβάλι (Bubalus bubalis) σύμφωνα με την επικρατέστερη άποψη μας ήρθε, κάπου τον 13ο αιώνα, από την Ασία (φυλή Murrah), οπότε και σημειώνονται μεγάλοι πληθυσμοί βουβάλων σε όλη τη χώρα. Στις αρχές της δεκαετίας του ’50, μόνο στη Μακεδονία και τη Θράκη, εκτρέφονταν περίπου 70 χιλιάδες ζώα. Στις επόμενες δεκαετίες ο αριθμός τους έφθινε διαρκώς και όταν ιδρύθηκε ο Κτηνοτροφικός Συναιτερισμός Βουβαλοτρόφων Ελλάδος, το 2004, καταμετρήθηκαν μόλις 1012 βούβαλοι! Σταδιακά, και μέσα από οργανωμένη προσπάθεια, ο αριθμός αυξήθηκε, ώστε το 2011 να έχει διπλασιαστεί και σήμερα να υπάρχουν περίπου 2.700 θηλυκά ζώα αναπαραγωγής. Εξακολουθεί όμως να είναι απειλούμενο είδος.

Η Βραχυκερατική αγελάδα είναι εγχώρια φυλή με χαρακτηριστικά του Bos Taurus Brachycerus, συγγενεύει με τη Ιλλυρική Βραχυκερατική φυλή που υπήρχε ανέκαθεν στα Βαλκάνια και, σήμερα, εκτρέφεται κυρίως στα ορεινά βοσκοτόπια της Ηπείρου, της Αιτωλοακαρνανίας, αλλά και της Κεφαλλονιάς. Ο πληθυσμός είναι περίπου 3.000 ζώα και είναι και αυτή απειλούμενη φυλή.

Η φυλή Κατερίνης ανήκει στον τύπο των Ελληνικών Στεππικών βοοειδών και είναι φυλή σε κρίσιμη κατάσταση με μόλις 200 ζώα, που εκτρέφονται στη Θεσσαλία.  Σε κατάσταση εξαφάνισης είναι η φυλή Συκιάς, η τέταρτη αυτόχθων φυλή που ανήκει επίσης στον τύπο των Ελληνικών Στεππικών βοοειδών και εκτρέφεται –ή καλύτερα εκτρεφόταν-στη Σιθωνία της Χαλκιδικής.

Αυτές είναι οι, ας πούμε, επίσημα καταγεγραμμένες φυλές. Σύμφωνα με άλλους, σε αυτές μπορούμε να προσθέσουμε και τις απειλούμενες φυλές αγελάδων που εκτρέφονται στις Κυκλάδες (Τήνου, Κέας).  Επειδή όλες οι φυλές είναι απειλούμενες ή υπό εξαφάνιση, δίνονται επιδοτήσεις στους κτηνοτρόφους –όπως γίνεται και για τις αντίστοιχες φυλές προβάτων και αιγών- ώστε να υποστηριχθεί η εκτροφή τους και να μην εκλείψουν ως είδη.